* Topraksız tarım üreticisinin mutlaka özel bilgi ve deneyime sahip olması gerekir. Özellikle kimya konusunda üst düzeyde bilgi sahibi olunmalı yada danışmanlık hizmeti alınmalı ki bu da maliyeti önemli ölçüde arttıran etmenlerden birisidir.
* Topraksız tarımda, bitkinin beslemesi ile ilgili karışık ve anlaşılamayan sorunlar ortaya çıkabilir. Besin çözeltisinin EC, pH, tuzluluk ve besin maddeleri konsantrasyonunda ki bir değişimden bitkiler hemen etkilenir. Besin çözeltilerinin dikkatli seçilmesi ve hazırlanması gerekir. Kimya bilgisi gereklidir.
* Bazı topraksız tarım teknikleri büyük teknik donanım gerektirir. Özellikle otomasyon için harcanacak tutarlar maliyetleri önemli ölçüde yükseltecektir.
* Fusarium spp. , Verticillium spp. , Pyhium spp. ve Phytophtora spp. gibi hastalık etmenleri kapalı devre çalışan NFT gibi bazı topraksız kültür şekillerinde daha hızlı yayılmaktadır.
* Özellikle organik yetiştirme ortamlarının kullanılmadığı zaman karbondioksit gübrelemesi gereklidir. Yani ortama karbondioksit ile takviye yapmak gerekir.
* Topraksız tarımda kullanılan plastik malzemelerin oranı topraklı tarımdan çok daha fazladır. Plastikler doğal olarak kirliliğine neden olur. Zira plastikler 500 yıl kadar doğada bozulmadan kalabilen tek maddelerdir.
* NFT gibi bazı sistemlerde solüsyon sıcaklığına bağlı olarak fizyolojik bozukluklar ortaya çıkabilir.
* Topraksız tarımın yapıldığı seralarda düzenli ve kesintisiz elektrik sistemine gereksinim vardır. Elektrikte kesinti varsa özellikle NFT gibi akan su kültürlerde birkaç saat içinde sistemin çökmesine neden olabilir. Çünkü sistemdeki devir daim elektrik motorlarıyla sağlanmaktadır. Onun için elektrik anlamında önlemlerin alınması gerekmektedir.
* Topraksız tarımda ve özellikle de sıvı kültürlerde bitkileri ayakta tutmak daha da güçtür. Bunun için işçilik ve malzeme konusunda maliyetin yükselmesi söz konusudur.
